轉子動平衡在動平衡機上實現時會面臨著一些困難。

一方面是有些轉子，由于受到尺寸和重量上的限制，很難甚至無法在平衡機上平衡。例如：對于大型發電機及透平一類的特大轉子，由于沒有相應的特大平衡裝置，往往會造成無法平衡。

另一方面在動平衡機上平衡好的轉子，裝機后其平衡精度難以保證。因為動平衡時的支承條件不同于轉子在實際工作條件下的支承條件，且轉子同平衡裝置之間的配合也不同于轉子與其自身轉軸之間的配合條件，即使出廠前已在動平衡機上達到高精度平衡的轉子，經過運輸、再裝配等過程，平衡精度在使用前難免有所下降，當處于工作轉速下運轉時，仍可能產生不允許的振動。并且轉子要拆下來才能進行動平衡，停機時間長、平衡速度慢、經濟損失大。